Soja er rig på isoflavoner (såkaldte fytoøstrogener), som er stoffer med svage østrogenlignende virkninger. Der er fortsat usikkerhed om kort- og langtidsvirkningerne af et højt indtag af fytoøstrogener i den tidlige barndom, både hos pige- og drengebørn. Derudover kan sojabaseret modermælkserstatning muligvis påvirke hormonbalancen og udviklingen af autoimmune sygdomme hos børn. Derfor fraråder Sundhedsstyrelsen i Danmark sojamælksbaseret modermælkserstatning.